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然而，這一年卻也悄悄發生了幾件表面上無足輕重的「小事」。該年萬曆皇帝即位滿十五年，前任首相張居正才剛過世，「張派」勢力已在這年遭到清算、煙消雲散，由皇帝取得實際權力。然而大臣發現，萬曆皇帝心灰意冷，君臣之間隔謨日深；同年，當朝富有盛名、言行古怪的御史海瑞謝世；歲末，大將戚繼光則在革職數年後寂寞地死去。此後三十年，努爾哈赤起於東北，帝國內政江河日下；越數年，明朝覆亡。

從「大歷史」(macro-history)的眼光來看，「萬曆十五年」可以說是中國的帝國官僚體系失敗的總紀錄。這一年中發生的許多事件，事實上牽涉了過去幾百年來國家體系發展的結果。

本書以超越傳統史學道德判斷的眼光，描繪了明末代表人物與時代發展的關係；在這裏，不論是當朝皇帝、首相、高級將領、帝國的文官與大思想家，統統被捲入整個大體系僵化、衰敗的過程。他們或者嘗試改造「道德治國」的傳統體制，或者希望在這種陳舊的體制中尋求妥協──然而最後的結果，都無法改變帝國頑固的行進方向；他們之中有的身敗，有的名裂，還有的人則身敗而兼名裂。

作者黃仁宇並不斤斤計較於書中人物一己的賢愚得失，而是將他們放在整個中國傳統社會、政治、經濟、文化各層面來加以衡量。他們的命運，正突顯了整個中國傳統社會發展上的重大障礙。美國當代大文豪歐普戴克（John Updike）曾經為文指出：本書反省中國歷史發展的缺失，應可和西方國家的歷史相互攻錯──此一洞見，值得我們再三反思。